江戸時代（徳川家綱の時代）1685年に現在の京都府伏見において、旅館『美濃屋』の主人・美濃太郎左衛門が戸外に捨てたトコロテンが凍結し、日中は融け、日を経た乾物を発見した。
これでトコロテンをつくったところ、前よりも美しく海藻臭さが無いものができた。
黄檗山萬福寺を開創した隠元禅師に試食してもらったところ、精進料理の食材として活用できると奨励された。
同時に名前を尋ねられたが、まだ決めていなかったためその旨伝えると、隠元は「寒天」と命名したという。

その後、大阪の宮田半兵衛が製法を改良し寒天を広げる。
さらに、天保年間に信州の行商人・小林粂左衛門が諏訪地方の農家の副業として寒天作りを広め、角寒天として定着した。

1881年、ロベルト・コッホが寒天培地による細菌培養法を開発したため、寒天の国際的需要が増えた。
第二次世界大戦中は戦略的意味合いから輸出を禁止したが、第二次大戦前は寒天が日本の重要な輸出品であった。
寒天の供給を絶たれた諸外国は自力による寒天製造を試み、自然に頼らない工業的な寒天製造法を開発した。こうして作られたのが粉末寒天である。1946年になると日本でも研究が始まり1970年頃には製造会社が35社にまで達した。しかし、2004年現在は4社ほどにまで激減。

現在では、モロッコ、ポルトガル、スペイン、チリやアルゼンチン等で良質の寒天が製造されている。